摂社で聖流水谷川に沿ってお祀りされており、上水谷・中水谷・下水谷の下社に相当し、素盞鳴命様・大巳貴命様・奇稲田姫様を御祭神としています。平安時代から幕末までの神仏習合時代は祇園精舎の守護神で医薬の神として尊崇され、「牛頭天王（ごずてんのう）」とされていました。例祭は４月５日で、通称「水谷神社鎮花祭」として親しまれています。古くより霊験あらたかな神様として名高く、病気平癒や子授けを祈る人が多いお社です。